Door het gespecialiseerde ecologisch onderzoeksbureau Waardenburg is onderzoek gedaan naar de te verwachten effecten op beschermde gebieden. Het plangebied grenst niet direct aan Natura 2000-gebieden. Het dichtstbijzijnde Natura-2000 gebied is de Loonse en Drunense Duinen & Leemkuilen. De afstand van het plangebied tot het natuurgebied bedraagt circa 3 km. Andere gebieden zoals Regte Heide & Riels Laag, Kampina & Oisterwijkse Vennen liggen op grotere afstand. Vanwege de ruime afstand van het plangebied tot de desbetreffende Natura 2000-gebieden kan geconcludeerd worden dat effecten op voorhand met zekerheid zijn uitgesloten.
De realisatie van Windpark de Spinder heeft geen effecten op habitattypen of soorten van Bijlage II waarvoor Natura 2000-gebieden in de omgeving zijn aangewezen. Significant negatieve effecten (inclusief sterfte) kunnen daarom met zekerheid worden uitgesloten. De alternatieven zijn hier niet onderscheidend in.